Der Bettelorden der Franziskaner übersiedelte bald nach 1237 von Ziesar in die aufstrebende Altstadt von Brandenburg an der Havel. Hier entstand im mittleren 13. Jahrhundert eine schlichte, asketischen Idealen folgende Saalkirche. Ab 1300 kam es, wahrscheinlich mit landesherrlicher Förderung, zum repräsentativen Ausbau. Nach der Reformation richtete die Stadt 1545 in großen Teilen der Klostergebäude ein Hospital ein. Dennoch konnte sich bis 1562 klösterliches Leben halten. Seit 1687 nutzten die deutsche und französische reformierte Gemeinde die Kirche. 1865 wurden die Klausurgebäude wegen Baufälligkeit abgebrochen.0Die Folgen des Zweiten Weltkriegs machten die Johanniskirche zur Ruine; seitdem gab es viele Diskussionen um Abriss, Erhaltung oder Wiederaufbau. Aus denkmalpflegerischer Sicht war es seit 1945 wichtig, die über Jahrzehnte einsturzgefährdete Ruine zu sichern, um die Voraussetzung für eine langfristige Erhaltung zu schaffen. Vor allem zu DDR-Zeiten, aber auch nach 1989, war immer wieder die Gefahr des Abrisses gegeben. Erst die Übernahme des Gebäudes durch die Stadt Brandenburg an der Havel im Jahr 2003 schuf eine solide Grundlage für alle weiteren Diskussionen um die Erhaltung und Nutzung der auch städtebaulich so bedeutsamen Kirchenruine.