Época de conflicto entre España e Inglaterra que se tradujo en amenazas de ataque a Filipinas. Manila se reforzó con obras de ingeniería militar para prepararse ante un posible asalto. La situación de presión impidió la salida anual regular del galeón de Acapulco y dio lugar a graves problemas para el comercio chino y los vecinos de Manila. A estos problemas se sumaron una sublevación de sangleyes y el levantamiento de la población tagala contra las órdenes religiosas, reclamando tierras comunales incorporadas irregularmente por haciendas de las órdenes. En provincias de Luzón cercanas a Manila, el oidor Pedro Calderón Enríquez realizó una nueva numeración de tributos según el sistema nuevo de cuenta abierta que, entre otras cosas, refleja la penetración de la población china en Filipinas. Por último, en estos años se introdujeron cambios administrativos, como la división de Leyte en dos alcaldías mayores y la creación de corregimientos en Zambales, Iligán, Dapitán y Cagayán el Chico.